Marcos nasce e vive na cidade de Oriente-SP. Marcos era goleiro das categorias de base do pequeno clube, Lençoense. Marcos das categorias de base do time do interior vai para as categorias de base da Sociedade Esportiva Palmeiras em uma troca que envolveu ele e uma dúzia de chuteiras e equipamento esportivo que salvaram o clube da falência. Antes disso, foi emprestado do Lençoense para o Corinthians por 3 meses. Lá, ele só treinou no CT e nem foi registrado oficialmente jogador do clube alvinegro e voltou para Lençóis. Melhor para o Verdão.
Em 1992, quase com 19 anos, Marcos estreia profissionalmente pelo Palmeiras contra o Guaratinguetá, vencendo por 4 a 0. Na década de 90, havia goleiros bons e ótimos que eram Velloso e Sérgio, este alias, deixou Marcos viver em sua casa por anos. É que quando Marcos veio para a capital paulista, não tinha onde morar e foi Sergio e sua esposa que lhe deu abrigo. Enquanto isso, Marcos só volta a atuar em 1996.
Marcos conquista a Copa do Brasil, Brasileirão, Mercosul, mas sempre como reserva. Até que na Libertadores de 1999, Velloso se machuca nas vésperas da quartas de final contra o Corinhtians e Marcos o substitui. E como o substitui, fechando o gol no 1º jogo. No 2º jogo, Marcos faz grandes defesas, mas a decisão vai pros pênaltis. Marcos pega e o Palmeiras vai pra final. Decisão do título nos pênaltis, Marcos não defende, mas o Verdão é campeão da Libertadores, com Marcos sendo o melhor jogador da competição, feito inédito de um goleiro e a eleito a revelação. No fim do ano, final do Mundial contra o Manchester United, Marcos falha numa bola aérea e o Verdão perde por 1 a 0. Mas não importa, São Marcos já está nos corações alviverdes. Elenco histórico aquele que Marcos defendeu, com Paulo Nunes, Felipão, Arce, Alex, Evair e César Sampaio.
Em 2000, na semifinal da Libertadores, a decisão de quem vai pra final é nos pênaltis entre Corinthians e Palmeiras. Marcelinho Carioca, ídolo do rival alviverde vai pra ultima cobrança, ele bate firme e Marcos, São Marcos, defende o pênalti e o Palmeiras vai pra final. Marcos é oficialmente, um ídolo. Na final, o Verdão perde nos pênaltis contra o Boca Juniors. Naquele mesmo ano, sua primeira lesão grave, no punho esquerdo.
Em 2001, nas quartas-de-final, Marcos pega três pênaltis na decisão contra o Cruzeiro e classifica o Palmeiras, mas é eliminado na semi contra o Boca Juniors. Em 2002, com Felipão no comando da seleção brasileira, Marcos é convocado e é titular em todos os jogos. Naquela seleção de Rivaldo, Ronaldo, Ronaldinho, Klebérson, Cafu e Gilberto Silva, Marcos fecha o gol na Copa e na final contra a Alemanha, quando o jogo estava em 0 a 0, numa cobrança de falta, Marcos se estica todo o com a ponta dos dedos, salva o Brasil que é penta campeão. Essa defesa foi eleita a mais difícil da competição. é eleito também o terceiro melhor goleiro do mundo. Mas naquele ano, o Palmeiras é rebaixado para a serie-B.
Marcos então recebe proposta de 45 milhões de reais pelo Arsenal, além de outros grandes clubes do Brasil na serie-A, mas Marcos recusa todas e leva o time, junto com Vagner Love, a título da serie-B de 2003 e a volta a elite brasileira do Palmeiras. Os anos de 2007 e 2008 são difíceis, com graves lesões e uma na mão em que 3 goleiros tiveram e por isso se aposentaram. Mas Marcos se recuperou em todas e em 2008 volta aos gramados e é campeão paulista, mas o nome da competição também foi seu substituto formado na base, Diego Cavarieli. Além dos ídolos Valdivia e Pierre, Alex Mineiro e o futuro judas de 2011, Kleber. Também é eleito o 3º jogador mais popular do mundo pelo IFFHS. Ainda em 2008, seu pai falece de problemas do coração, com 73 anos.
Na Libertadores de 2009, nas oitavas de final, na decisão por pênaltis contra o Sport, Marcos defende 3 cobranças e classifica o Palmeiras, mas é eliminado nas quartas. Em 2010, em jogos diferentes, se tornou o 2º goleiro que mais vestiu a camisa do Palmeiras e o oitavo jogador que mais vezes jogou pelo Verdão e num amistoso contra o Boca Juniors, no fechamento do Palestra Itália para reformas, Marcos recebe uma placa por ser o que mais atuou no jardim suspenso do Verdão. Ainda em 2010, completou 500 jogos pelo Palmeiras e virou o 7º que mais atuou pelo Verdão.
Em 2011, Marcos faz sua ultima partida oficial pelo Palmeiras. Em 2012, está decretada a sua aposentadoria. Naquele ano, num amistoso contra o Ajax da Holanda, 5 mil palestrinos homenagearam Marcos no caminho do Palestra Itália até o estádio do Pacaembu. No jogo, homenagens da torcida e dos jogadores ao eterno São Marcos. Depois, Marcos virou embaixador do Palmeiras.
Ele ainda será homenageado com um brusto na Arena Palestra Itália e com um jogo de despedida em 12/12/2012, data escolhida pelo numero que mais carregou nas costas, o 12 que foi aposentado, embora não de forma oficial. Ele merece. #ParabénsSãoMarcos
